永正十四年五月二十九日（1517年6月18日）方仁出生於京都御所，為後奈良天皇長子。1533年（天文二年）親王宣下。1557年，因為後奈良天皇駕崩而即位，但是因為皇室經濟實在極端匱乏，因此一直到毛利元就等人捐出錢財，天皇才在1560年（永祿三年）舉行即位儀式。

朝廷財政窘迫，使得權威掃地，這樣的情況一直到織田信長上洛以後才有改善。信長需要藉由天皇的權威，發出給敵對勢力的和談敕命。包括1570年時對朝倉義景、淺井長政，1573年對足利義昭，1580年對石山本願寺等數次戰爭，都是以正親町天皇的名義發出和談敕命，為此信長尊重天皇。信長死後，政權逐漸移轉至羽柴秀吉手上，天正十三年（1585年）正親町天皇任命羽柴秀吉為關白。天正十四年（1586年）再任命秀吉為從一位太政大臣，並賜姓豐臣。豐臣秀吉也採取了利用天皇的手段，使天皇權威提高，並恢復皇宮的修理與朝廷的儀式。

天正十四年十二月十七日（1586年11月8日），正親町天皇讓位給皇太孫周仁親王，在位二十九年。直到文祿二年二月六日（1593年3月8日）正親町太上皇崩逝，享壽七十六歲，安葬於深草北陵（今京都府京都市伏見區）。